5 апреля 1990 года был создан профессиональный футбольный клуб «Крылья Советов». Учредителями клуба стали Куйбышевское авиационное производственное объединение и его профком, облсовпроф, обком профсоюза работников машиностроительной промышленности, облспорткомитет. Первым президентом клуба был избран Александр Алексеев.
| 5 апреля 1990 | 17 октября 1990 | Александр Федорович Алексеев |
| октябрь 1990 | февраль 1991 | Сергей Александрович Галанин (03.11.1962) (и.о.) |
| февраль 1991 | июль 1994 | Михаил Балагезьян |
| август 1994 | ноябрь 1994 | Александр Аверьянов (и.о.) |
| декабрь 1994 | ноябрь 1995 | Михаил Балагезьян |
| декабрь 1995 | апреля 1997 | Борис Вальков |
| май 1997 | март 1998 | Александр Белоусов (и.о. — май 1997 — январь 1998) |
| март 1998 | октябрь 1998 | Геннадий Нечаев (и.о.) |
| октябрь 1998 | декабрь 1998 | Владимир Дранч (и.о.) |
| январь 1999 | август 1999 | Александр Морозов (и.о.) |
| сентябрь 1999 | июнь 2005 | Герман Ткаченко |
| июль 2005 | ноябрь 2007 | Александр Барановский |
| декабрь 2007 | январь 2010 | Игорь Завьялов |
| январь 2010 | июль 2011 | Виктор Развеев |
| август 2011 | июль 2013 | Алексей Чигинев |
| июль 2013 | Дмитрий Анатольевич Шляхтин |
